La fundación se realizó el 16 de Agosto de 1616 el nombre de "Ángel Custodio de Saipina" por el Maestro Campo Don Pedro Lucio Escalante y Mendoza, por Célula firmada por el Virrey de Perú don Juan Mendoza y Luna, Marquéz de Monteclaros.

En el año de 1961 se inicia la actividad autónoma Municipal de Saipina don su primer Alcalde, el Señor José Talamaz, que puso todo su empeño en la organización del municipio.

La importancia agrícola si este valle sobre todo con relación al cultivo de la caña de azúcar quedo demostrada son la instalación de uno de los primeros ingenios azucareros del país por Don Juan Desiderio Céspedes en la década de 1910 a 1925 (a 2 kilómetros de Saipina en la comunidad de San Rafael), la producción de azúcar granulada en Saipina no solo cubrió el requerimiento regional, si no que también se comercializo bueno parte en los mercados de Cochabamba y Santa Cruz.

Desgraciadamente, esta valiente inquietud industrial tuvo un trágico final: las aguas embravecidas del río Mizque impulsadas por uno de los mayores turbiones registrados hasta ese entonces, cargaron con la tierra, los cañaverales y la salud del señor Céspedes.

Atractivos Turísticos

Museo Arqueológico de Saipina fue inaugurado el 16 de Agosto de 1998.

Con la coordinación del Vice Ministerio de Cultura de Bolivia. la H. Alcaldía Municipal de Saipina, La Dirección Nacional de Arqueología y Antropología, El Museo Nacional de Arqueología conjuntamente con la Unidad de Cultura y Turismo de la Prefectura de Santa Cruz.

Uno de los gestores para que este Museo se haga realidad fue el arqueólogo Omar Claure Callaú, tanto así que la clasificación en la cual tiene un orden que no solo depende de la edad de los pueblos que habitaron en el entorno que nos da un paso a la historia mostrándonos la superposición de los diferentes pueblos y culturas que allí vivieron y que hasta el presente sobreviven. De pueblos como ser: La Culturas Oriental Amazónica (Chané) A. C., Motojocoya, Yampara, Omereque, e Inca D.C.